이번 글에서는 의료법인 설립과정에서 발생하는 세부담 중 취득세에 관하여 살펴보고자 합니다. 의료법인은 설립 시 민법의 재단법인에 관한 규정을 준용하므로 법인격의 형성을 위해서는 반드시 재산의 출연이 수반되어야 합니다. 따라서, 의료법인의 설립을 위해서는 재산의 출연이라는 절차가 수행되어야 하며, 이 과정에서 의료법인은 취득세의 부담이 발생할 수 있습니다.
이하에서는 의료법인 설립 시의 취득세와 관련하여 살펴보도록 하겠습니다.
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의료법인 설립 시 재산의 출연
의료법인은 그 법인이 개설하는 의료기관에 필요한 시설이나 시설을 갖추는 데에 필요한 자금을 보유하여야 합니다(의료법 제48조 제2항). 이에 보건복지부는 의료법인의 실체를 이루는 것으로 의료기관 건립에 충분한 대지와 건물을 갖추도록 요구하고 있습니다(보건복지부 의료기관 개설 및 의료법인 설립 운영 편람)
다만, 현행 법령 상 비영리법인의 설립허가에 관한 구체적인 기준이 정하여 있지 아니하므로 의료법인의 설립을 허가할 것인지 여부는 주무관청의 정책적인 판단에 따른 재량에 맡기고 있으며, 각 지방자치단체는 법인 설립 등의 허가기준을 마련하여 운영하고 있습니다(보건복지부 의료기관 개설 및 의료법인 설립 운영 편람)
각 지방자치단체는 ‘의료법인 설립 및 운영기준’을 마련하여 의료법인의 설립허가 시 출연해야하는 자산의 요건 등을 정하고 있습니다. 지방자치단체에서 정하는 설립허가 기준은 자산의 규모, 요구하는 병상의 수 등에서 차이가 존재하나 공통적으로 규정하고 있는 내용은 “의료기관의 건립에 필요한 충분한 대지와 건물을 출연해야 한다”는 것입니다(지자체에 따라서는 대지만을 출연하는 것도 가능하나 이 경우에는 의료기관 신축에 필요한 충분한 자금을 출연해야 합니다). 즉, 현금만을 기본재산으로 의료법인 설립허가를 신청하거나 또는 토지나 건물을 임차하여 의료법인의 설립허가를 신청하는 것은 허용되지 않는 것입니다.
대표적으로 몇몇 지방자치단체의 의료법인 설립 및 운영기준 상 설립허가 시 요구하는 자산의 기준을 살펴보면 다음과 같습니다.
| 세종특별자치시 의료법인 설립 및 운영 기준 ○ 자산에 관한 사항 〈기본적인 사항〉 ∙ 기본재산은 의료법인의 실체를 이루는 것으로 병원급 이상 의료기관 건립에 필요한 충분한 대지와 건물이어야 하며, 의료기관 종류별시설기준 및 규격을 준수하여야 함. 다만, 대지만을 출연하는 경우에는 의료기관 신축에 필요한 충분한 자금을 소유하여야 함.(의료법인 설립허가 신청 시 대지는 반드시 출연해야 함) 부산광역시 의료법인 설립 및 운영 지침 5) 자산에 관한 사항 가) 기본적인 사항 ○ 의료법인은 그 법인이 개설하는 의료기관에 필요한 토지와 건물은 보유하고 병원시설이나 시설을 갖추는데 필요한 자금과 초기 운영자금을 보유하여야 함. – 기본재산은 의료법인의 실체를 이루는 것으로 병원운영에 충분한 대지와 건물(용도 : 의료시설-병원)을 보유하고, 병원급 이상의 의료기관별 시설기준 및 규격(의료법시행 규칙 제34조)을 준수하여야 하며, 현금만을 기본재산으로 의료법인 설립허가 신청 또는 토지나 건물을 임차하여 의료법인의 설립허가 신청은 허용되지 않음.(등기부등본 확인) 수원시 의료법인 설립 및 운영 지침 5) 자산에 관한 사항 기본적인 사항 – 기본재산은 의료법인의 실체를 이루는 것으로 의료기관 건립에 충분한 대지와 건물은 자가 보유하고, 병원급 이상의 의료기관별 시설기준 및 규격을 준수(의료법 시행규칙 제34조) ※ 토지나 건물을 임차하여 의료법인의 설립허가 신청은 인정하지 않음. |
상기의 규정에 따를 경우 의료법인의 설립을 위해서는 의료기관 건립을 위한 토지와 건물(최소한 토지)의 출연이 반드시 이루어져야 할 것이고, 이 과정에서 토지와 건물의 취득에 따른 취득세의 부담이 발생할 수 있습니다.
부동산 출연에 따른 취득세의 부담
상속세 및 증여세법 상 공익법인에 해당하는 의료법인이 무상으로 출연받은 자산에 대하여 증여세가 과세되지 않기 때문에(출연받은 자산을 3년이내에 직접 고유목적사업에 사용하는 경우) 무상으로 취득하는 부동산에 대해서도 취득세를 부담하지 않는 것으로 혼동하시는 경우가 많습니다.
증여세는 국세인데 반하여, 취득세는 지방세에 해당하므로 이를 동일하게 취급하여서는 아니됩니다. 지방세법에서는 무상으로 취득하는 재산의 취득세 과세여부와 관련하여 다음과 같이 규정하고 있습니다.
| 지방세법 제6조 【정의】 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다. 1. “취득”이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상ㆍ무상의 모든 취득을 말한다. 2. “부동산”이란 토지 및 건축물을 말한다. 지방세법 제7조 【납세의무자 등】 ① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서 “부동산등”이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다. |
상기 규정에 의할 경우 상속, 증여, 기부 등의 방식으로 무상으로 취득한 경우에도 지방세법 상 ‘취득’에 해당하는 것입니다. 따라서, 의료법인 설립 시 무상으로 출연(기부)받은 부동산에 대해서는 취득세가 과세되는 것이 맞는 것입니다.
다만, 의료법인이 의료업이라는 고유목적사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 일정한 특례규정을 두어 취득세의 일정한 부분을 감면해주고 있습니다.
의료법인의 취득세 감면의 내용은 아래의 지방세특례제한법 규정을 참고하시기 바랍니다.
| 지방세특례제한법 제22조(사회복지법인등에 대한 감면) ⑧ 제1항부터 제7항까지의 규정에도 불구하고 사회복지법인이 의료기관을 경영하기 위하여 취득하거나 사용하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에 따라 취득세와 재산세를 각각 경감한다. 1. 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 2024년 12월 31일까지 취득세의 100분의 30[「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률」 제8조의2에 따라 지정된 감염병전문병원(이하 “감염병전문병원”이라 한다)의 경우에는 100분의 40]을 경감한다. 지방세특례제한법 제30조(한국보훈복지의료공단 등에 대한 감면) ② 「한국보훈복지의료공단법」 제7조제1항에 따른 보훈병원이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 각각 경감한다. 1. 2024년 12월 31일까지 취득세 및 재산세의 100분의 50(감염병전문병원의 경우에는 100분의 60)을 각각 경감한다. 지방세특례제한법 제37조(국립대병원 등에 대한 감면) ① 다음 각 호의 법인이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50(감염병전문병원의 경우에는 100분의 60)을, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50(감염병전문병원의 경우에는 100분의 60)을 2024년 12월 31일까지 각각 경감한다. 1. 「서울대학교병원 설치법」에 따라 설치된 서울대학교병원 2. 「서울대학교치과병원 설치법」에 따라 설치된 서울대학교치과병원 3. 「국립대학병원 설치법」에 따라 설치된 국립대학병원 4. 「암관리법」에 따라 설립된 국립암센터 5. 「국립중앙의료원의 설립 및 운영에 관한 법률」에 따라 설립된 국립중앙의료원 6. 「국립대학치과병원 설치법」에 따라 설립된 국립대학치과병원 7. 「방사선 및 방사성동위원소 이용진흥법」에 따라 설립된 한국원자력의학원 지방세특례제한법 제38조(의료법인 등에 대한 과세특례) ① 「의료법」 제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 각각 경감한다. 1. 2024년 12월 31일까지 취득세의 100분의 30(감염병전문병원의 경우에는 100분의 40)을, 재산세의 100분의 50(감염병전문병원의 경우에는 100분의 60)을 각각 경감한다. ④ 「민법」 제32조에 따라 설립된 재단법인이 「의료법」에 따른 의료기관 개설을 통하여 의료업에 직접 사용할 목적으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 15(감염병전문병원의 경우에는 100분의 25)를, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 25(감염병전문병원의 경우에는 100분의 35)를 2024년 12월 31일까지 각각 경감한다. 다만, 종교단체의 경우에는 취득세의 100분의 30(감염병전문병원의 경우에는 100분의 40)을, 재산세의 100분의 50(감염병전문병원의 경우에는 100분의 60)을 2024년 12월 31일까지 각각 경감한다. 지방세특례제한법 제38조의2(지방의료원에 대한 감면) 「지방의료원의 설립 및 운영에 관한 법률」에 따라 설립된 지방의료원이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 각각 경감한다. 1. 2024년 12월 31일까지 취득세 및 재산세의 100분의 75(감염병전문병원의 경우에는 100분의 85)를 각각 경감한다. |
사견
의료법인은 여타의 비영리공익법인과 다르게 그 설립 시 토지 및 건물의 출연이 수반되어야 하므로 막대한 취득세가 과세되며, 이는 의료법인의 설립 시 장애요인이 될 수 있습니다.
만약, 의료법인을 설립하고자 하는 자가 의료법인에 토지를 출연하기 위하여 해당 토지를 취득하고 이를 의료법인에 출연한다면, 1) 토지 취득 시 출연자에게 취득세가 과세되며, 2) 의료법인에 출연 시 의료법인에게 또다시 취득세가 과세되는 결과가 발생합니다.
| 전라남도 본청 세무회계과-29847 (2009.10.14) □ 답변 내용 о「지방세법」제105조에서 취득세는 부동산 등을 취득하는 자에게 부과토록 되어 있고, 동법 제124조에서 등록세는 재산권 기타 권리의 취득 등을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받은 자에게 부과하도록 되어 있습니다. 또한「부동산등기특별조치법」제2조 제5항에서 소유권보존등기가 되어있지 아니한 부동산에 대하여 소유권이전을 내용으로 하는 계약을 체결한 자는 소유권보존등기를 신청하도록 되어 있습니다. о 그러므로 건축물을 신축하여 취득한 후 재단법인으로 출연할 경우 취득세는 원시취득자 및 재단법인이 각각 납부하여야 하며, 등록세도 원시취득자는 소유권보존등기에 대한 등록세 그리고 재단법인은 소유권이전등기에 대한 등록세를 각각 납부하여야 할 것으로 사료됩니다. |
물론 취득세가 취득이라는 행위에 과세되는 세금이므로 상기와 같을 경우 각각의 취득에 취득세가 과세되는 것이 맞는 것이지만, 이는 의료법인의 설립을 어렵게 만드는 요인 중 하나가 될 수 있으므로 적절한 특례규정을 두어 의료법인의 설립 시 취득세의 부담을 경감시키는 것이 바람직하지 않을 까 생각합니다.