전자기부금영수증 의무발급 대상 확인

2025년부터 일정 규모 이상의 기부금영수증을 발급하는 법인에는 전자기부금영수증 발급의무가 적용되고 있습니다. 이에 따라 공익법인이나 비영리법인의 회계·세무 담당자는 매년 기부금영수증 발급금액을 확인하고, 전자발급 대상에 해당하는지 판단해야 합니다.

그런데 실제 업무에서는 몇 가지 혼동하기 쉬운 부분이 있습니다. 기부금수익이 3억원을 넘으면 의무발급 대상인지, 정확히 3억원인 경우에도 의무가 있는지, 이미 종이영수증을 발급했다면 가산세가 부과되는지 등이 대표적입니다.

전자기부금영수증 의무발급제도는 기준금액만 확인한다고 끝나는 문제가 아닙니다. 직전 사업연도의 발급금액을 기준으로 의무 여부를 판단하고, 실제 기부금을 받은 연도에 따라 발급기한을 관리해야 하며, 전자발급분과 종이영수증 발급분의 자료관리 의무도 구분해야 합니다.

이번 글에서는 법인인 공익법인을 중심으로 실제 사례를 통해 전자기부금영수증 의무발급 대상 여부를 판단하는 방법과 실무상 유의사항을 살펴보겠습니다.

1. 우리 법인은 전자기부금영수증 의무발급 대상일까?

전자기부금영수증 의무발급 대상 여부를 판단할 때 가장 먼저 확인할 것은 직전 사업연도에 받은 기부금에 대하여 발급한 기부금영수증 금액의 총합계액입니다.

「법인세법」 제112조의2 제4항과 같은 법 시행령 제155조의2 제4항에 따르면, 이 금액이 3억원을 초과하는 법인은 전자기부금영수증 의무발급 대상에 해당합니다.

여기서 중요한 것은 기부금수익이 아니라 기부금영수증 발급금액을 기준으로 판단한다는 점입니다. 공익법인의 운영성과표에 표시된 기부금수익과 기부금영수증 발급금액은 반드시 일치하는 것은 아니므로, 회계장부의 기부금수익 금액만 확인하여 의무발급 대상 여부를 판단해서는 안 됩니다.

또한 법령에서 정한 기준은 3억원 ‘이상’이 아니라 3억원 ‘초과’입니다. 따라서 정확히 3억원인 경우에는 의무발급 대상에 해당하지 않습니다.

예를 들어 12월 결산법인인 A재단이 2025년에 받은 기부금에 대하여 발급한 기부금영수증 금액의 총합계액이 3억 500만원이라면, A재단은 2026년 사업연도에 전자기부금영수증 의무발급 대상에 해당합니다.

직전 사업연도 관련 기부금영수증 발급금액	의무발급 대상 여부
2억 8천만원	해당하지 않음
정확히 3억원	해당하지 않음
3억 500만원	해당함
4억 2천만원	해당함

반면 B재단의 2025년 관련 발급금액이 정확히 3억원이라면, 2026년 사업연도에는 이 기준에 따른 의무발급 대상에 해당하지 않습니다. 물론 의무발급 대상이 아니더라도 전자기부금영수증을 자율적으로 발급할 수 있습니다.

2. 의무발급 대상 여부는 매년 다시 판단해야 할까?

전자기부금영수증 의무발급 대상 여부는 매년 직전 사업연도를 기준으로 판단합니다. 따라서 어느 한 해에 의무발급 대상이었다고 해서 이후 모든 사업연도에 계속 의무가 적용되는 것은 아닙니다.

12월 결산법인인 C재단의 기부금영수증 발급금액이 다음과 같다고 가정하겠습니다.

사업연도	해당 연도에 받은 기부금 관련 영수증 발급금액	다음 사업연도 의무발급 여부
2024년	3억 5천만원	2025년 의무발급
2025년	2억 7천만원	2026년 의무발급 대상 아님
2026년	3억 8천만원	2027년 의무발급

이 사례에서 C재단은 2025년에는 전자기부금영수증 의무발급 대상이지만, 2026년에는 직전 사업연도의 관련 발급금액이 3억원을 초과하지 않으므로 의무발급 대상에 해당하지 않습니다. 이후 2026년 발급금액이 다시 3억원을 초과한다면 2027년에는 의무발급 대상에 해당합니다.

따라서 공익법인은 매년 사업연도가 종료되면 해당 사업연도에 받은 기부금에 대하여 발급한 기부금영수증 금액을 집계하고, 다음 사업연도의 의무발급 대상 여부를 확인하는 절차를 마련할 필요가 있습니다.

3. 전자기부금영수증은 언제까지 발급해야 할까?

전자기부금영수증 의무발급제도는 2025년 1월 1일 이후 기부받는 분부터 적용됩니다. 의무발급 대상 법인은 기부금을 받은 날이 속하는 연도의 다음 연도 1월 10일까지 전자기부금영수증을 발급해야 합니다.

기부금을 받은 연도	전자기부금영수증 발급기한
2025년	2026년 1월 10일
2026년	2027년 1월 10일
2027년	2028년 1월 10일

12월 결산법인이라면 사업연도와 달력연도가 일치하므로 비교적 간단하게 발급기한을 관리할 수 있습니다. 그러나 사업연도가 12월 말에 종료되지 않는 법인은 의무발급 대상 여부를 판단하는 사업연도와 실제 발급기한을 정하는 달력연도를 구분해야 합니다.

예를 들어 D재단의 사업연도가 2025년 4월 1일부터 2026년 3월 31일까지라고 가정하겠습니다. 이 경우 해당 사업연도의 의무발급 대상 여부는 직전 사업연도인 2024년 4월 1일부터 2025년 3월 31일까지 받은 기부금에 대해 발급한 기부금영수증 금액을 기준으로 판단합니다.

반면 같은 사업연도에 받은 기부금이라도 실제 발급기한은 다음과 같이 달라집니다.

기부금 수령일	발급기한
2025년 7월 15일	2026년 1월 10일
2026년 2월 15일	2027년 1월 10일

즉, 동일한 사업연도에 받은 기부금이라도 수령한 달력연도가 다르면 전자기부금영수증 발급기한이 달라질 수 있습니다. 따라서 비12월 결산법인은 기부금 수령연도별로 발급대장을 관리하는 것이 유용합니다.

4. 이미 종이 기부금영수증을 발급했다면 어떻게 해야 할까?

전자기부금영수증 의무발급 대상에 해당하는 법인이 종이 기부금영수증을 발급하였다면, 우선 해당 기부금이 전자발급 의무 적용기간에 받은 기부금인지 확인해야 합니다.

의무발급 대상기관은 법령에서 정한 기한 내에 전자기부금영수증을 발급해야 하므로, 종이영수증을 발급했다는 사실만으로 전자발급 의무가 이행되었다고 볼 수는 없습니다.

이 경우에는 해당 기부금에 대한 전자기부금영수증 발급 여부를 확인하고, 전자발급 과정에서 동일한 기부금에 대한 영수증이 중복으로 발급되지 않도록 주의해야 합니다. 특히 이미 기부자에게 종이영수증을 교부한 경우에는 기부자별 발급내역과 홈택스 전자발급내역을 대조하여 관리하는 것이 필요합니다.

다만 종이영수증을 발급했다는 사실과 가산세가 부과되는지는 별개의 문제입니다. 전자발급 의무 위반 자체에 대한 가산세와 기부금영수증의 허위발급 또는 발급명세 관리의무 위반에 따른 가산세는 구분하여 판단해야 합니다.

5. 전자기부금영수증을 발급하지 않으면 가산세가 부과될까?

전자기부금영수증 의무발급 대상기관이 전자적 방식으로 영수증을 발급하지 않았다면 「법인세법」 제112조의2 제4항에 따른 발급의무를 이행하지 않은 문제가 발생합니다.

그러나 기부금영수증 관련 가산세를 규정하고 있는 「법인세법」 제75조의4에서는 전자발급 의무를 이행하지 않았다는 사실 자체를 별도의 가산세 부과 사유로 규정하고 있지 않습니다.

따라서 종이 기부금영수증을 정상적으로 발급하고 기부자별 발급명세도 적정하게 작성·보관하였다면, 전자발급 의무 위반만으로 「법인세법」 제75조의4에 따른 가산세가 곧바로 부과된다고 보기는 어렵습니다.

다만 이는 현행 가산세 규정의 문언에 따른 해석이며, 전자발급 의무 자체가 면제된다는 의미는 아닙니다. 전자발급 의무 위반만을 직접 판단한 별도의 유권해석이나 판례까지 확인된 것은 아니므로, 모든 세무상 불이익이 없다고 단정해서는 안 됩니다.

반면 기부금영수증을 사실과 다르게 발급하거나 기부자별 발급명세를 작성·보관하지 않은 경우에는 기존 가산세가 적용될 수 있습니다.

위반 유형	가산세
기부금액을 사실과 다르게 기재하여 발급	사실과 다르게 발급된 금액의 5%
기부자의 인적사항 등 주요사항을 사실과 다르게 기재하여 발급	영수증 기재금액의 5%
기부자별 발급명세 미작성·미보관	작성·보관하지 않은 금액의 0.2%

예를 들어 실제 기부금액이 100만원인데 기부금영수증에 200만원을 기재하여 발급하였다면, 차액인 100만원의 5%에 해당하는 가산세가 문제될 수 있습니다.

또한 기부금영수증을 발급하는 법인은 원칙적으로 기부자별 발급명세를 작성하여 발급한 날부터 5년간 보관해야 하며, 이를 이행하지 않은 경우에는 작성·보관하지 않은 금액의 0.2%에 해당하는 가산세가 적용될 수 있습니다.

6. 종이영수증과 전자기부금영수증의 관리의무는 어떻게 다를까?

전자기부금영수증을 발급하면 종이영수증을 발급한 경우와 비교하여 발급명세의 작성·보관 및 제출의무가 달라집니다.

「법인세법」 제112조의2는 기부금영수증을 발급하는 법인에 대하여 기부자별 발급명세의 작성·보관의무와 기부금영수증 발급합계표 제출의무를 규정하고 있습니다. 전자기부금영수증을 발급한 경우에는 해당 전자발급분에 대하여 별도 작성·보관 및 제출의무가 면제됩니다.

구분	종이 기부금영수증	전자기부금영수증
기부자별 발급명세 작성·보관	원칙적으로 의무	별도 작성·보관의무 면제
과세관청 요청 시 발급명세 제출	원칙적으로 의무	별도 제출의무 면제
기부금영수증 발급합계표 제출	원칙적으로 의무	전자발급분에 대한 제출의무 면제

기부금영수증 발급합계표는 해당 사업연도의 기부금영수증 발급 건수와 금액 등을 기재하여 관할 세무서장에게 제출하는 서류입니다. 원칙적으로 해당 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 6개월 이내에 제출해야 하며, 전자기부금영수증 발급분에 대해서는 별도 제출의무가 면제됩니다.

따라서 종이영수증과 전자기부금영수증을 함께 발급하는 법인은 발급방식별로 관련 자료의 작성·보관 및 제출의무를 구분하여 관리해야 합니다.

7. 전자발급 의무를 지키지 않으면 명단공개 대상이 될까?

전자기부금영수증 의무발급을 이행하지 않은 경우에는 가산세뿐 아니라 불성실기부금수령단체 명단공개 대상에 해당하는지도 검토할 필요가 있습니다.

「국세기본법」 제85조의5 및 같은 법 시행령 제66조에서는 기부금영수증을 사실과 다르게 발급하거나 기부자별 발급명세를 작성·보관하지 않는 등 일정한 요건에 해당하는 경우 불성실기부금수령단체의 명단을 공개하도록 규정하고 있습니다.

그러나 전자기부금영수증을 전자적 방식으로 발급하지 않았다는 사실 자체는 별도의 명단공개 사유로 열거되어 있지 않습니다.

따라서 의무발급 대상기관이 종이 기부금영수증을 정상적으로 발급하고 기부자별 발급명세를 적정하게 작성·보관하였다면, 전자발급 의무를 이행하지 않았다는 이유만으로 불성실기부금수령단체 명단공개 대상에 해당한다고 보기는 어렵습니다.

반면 기부금영수증을 사실과 다르게 발급하거나 기부자별 발급명세를 작성·보관하지 않는 등 별도의 위반행위가 있는 경우에는 관련 법령에서 정한 요건에 따라 명단공개 대상에 해당할 수 있습니다.

8. 전자기부금영수증 의무발급 FAQ

Q1. 기부금수익이 3억원을 초과하면 무조건 의무발급 대상인가요?

아닙니다. 의무발급 대상 여부는 기부금수익이 아니라 직전 사업연도에 받은 기부금에 대하여 발급한 기부금영수증 금액의 총합계액을 기준으로 판단합니다. 따라서 회계장부상 기부금수익이 3억원을 초과하더라도 해당 기준금액을 별도로 확인해야 합니다.

Q2. 기부금영수증 발급금액이 정확히 3억원이라면 의무발급 대상인가요?

아닙니다. 법령에서 정한 기준은 3억원 초과이므로 정확히 3억원인 경우에는 의무발급 대상에 해당하지 않습니다.

Q3. 2025년에 의무발급 대상이었다면 2026년에도 계속 의무발급 대상인가요?

반드시 그렇지는 않습니다. 의무발급 대상 여부는 매년 직전 사업연도에 받은 기부금에 대한 기부금영수증 발급금액을 기준으로 판단합니다. 따라서 직전 사업연도의 관련 발급금액이 3억원을 초과하지 않는다면 다음 사업연도에는 의무발급 대상에 해당하지 않을 수 있습니다.

Q4. 전자기부금영수증을 발급하지 않고 종이영수증만 발급하면 가산세가 부과되나요?

전자발급 의무 위반 자체는 「법인세법」 제75조의4에서 별도의 가산세 부과 사유로 규정하고 있지 않습니다. 다만 기부금영수증의 허위발급이나 기부자별 발급명세 미작성·미보관 등 별도의 위반행위가 있다면 관련 가산세가 부과될 수 있습니다.

Q5. 전자기부금영수증을 발급하면 기부금영수증 발급합계표를 제출하지 않아도 되나요?

전자기부금영수증으로 발급한 부분에 대해서는 기부금영수증 발급합계표의 별도 제출의무가 면제됩니다. 다만 종이영수증 발급분이 있는 경우에는 해당 발급분에 대한 제출의무를 구분하여 확인해야 합니다.

9. 공익법인 담당자를 위한 실무 체크리스트

전자기부금영수증 의무발급 대상 여부와 발급기한을 정확하게 관리하기 위해서는 매년 다음 사항을 점검할 필요가 있습니다.

직전 사업연도의 기부금영수증 발급금액 확인: 해당 사업연도에 받은 기부금에 대하여 발급한 기부금영수증 금액의 총합계액을 확인하고, 3억원 초과 여부를 판단합니다.
의무발급 대상 사업연도 확인: 매년 직전 사업연도의 발급금액을 기준으로 다음 사업연도의 의무발급 대상 여부를 판단합니다.
기부금 수령연도별 발급기한 관리: 기부금을 받은 날이 속하는 연도의 다음 연도 1월 10일까지 전자기부금영수증을 발급해야 합니다.
종이영수증 발급내역 점검: 의무발급 적용기간 중 종이영수증을 발급한 내역이 있다면 전자발급 여부와 중복발급 가능성을 확인합니다.
발급명세 및 발급합계표 관리: 전자발급분과 종이영수증 발급분의 작성·보관 및 제출의무를 구분하여 관리합니다.
기부금액 및 기부자 정보 검토: 기부금영수증을 사실과 다르게 발급하지 않도록 기부금액과 기부자 정보를 정확하게 관리합니다.

10. 정리

전자기부금영수증 의무발급제도는 2025년 1월 1일 이후 기부받는 분부터 적용되며, 법인의 경우 직전 사업연도에 받은 기부금에 대하여 발급한 기부금영수증 금액의 총합계액이 3억원을 초과하면 의무발급 대상에 해당합니다.

의무발급 대상기관은 해당 연도에 받은 기부금에 대하여 다음 연도 1월 10일까지 전자기부금영수증을 발급해야 합니다. 특히 12월 결산법인이 아닌 경우에는 의무발급 대상 여부를 판단하는 사업연도와 실제 발급기한을 정하는 달력연도를 구분하여 관리해야 합니다.

전자발급 의무를 이행하지 않았다는 사실 자체는 현행 「법인세법」 제75조의4에 따른 별도의 가산세 부과 사유로 규정되어 있지 않으며, 「국세기본법」 제85조의5 및 같은 법 시행령 제66조에서도 별도의 명단공개 사유로 열거되어 있지 않습니다.

다만 기부금영수증을 사실과 다르게 발급하거나 기부자별 발급명세를 적정하게 작성·보관하지 않은 경우에는 별도의 가산세 또는 명단공개 문제가 발생할 수 있습니다. 따라서 공익법인은 매년 의무발급 대상 여부를 확인하고, 전자기부금영수증 발급기한과 관련 자료의 관리체계를 함께 점검할 필요가 있습니다.

전자기부금영수증 의무발급 대상인지 확인하는 방법｜3억원 기준·발급기한·가산세