공익법인은 매년 4월이 되면 출연재산 등에 대한 보고서 제출, 결산서류 공시, 외부전문가 세무확인서 제출 등 여러 신고·공시 일정을 확인해야 합니다. 이와 함께 법인세법상 공익법인등(구. 지정기부금단체등)에 해당하는 법인은 지정요건과 의무를 제대로 이행했는지를 확인하여 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 국세청에 의무이행 여부를 보고해 왔습니다.
그런데 2026년 「법인세법 시행령」이 개정되면서 이 의무이행 여부 보고서 제출의무가 폐지되었습니다.
그렇다면 12월 말 결산 공익법인은 앞으로 이 보고서를 더 이상 제출하지 않아도 되는 것일까요?
여기서 주의할 점이 있습니다. 시행령이 이미 개정되었다고 해서 2027년 4월에 제출하는 보고서부터 곧바로 없어지는 것은 아닙니다. 이번 개정에는 별도의 적용례가 있기 때문입니다.
12월 말 결산 공익법인은 2027년 4월에 2026사업연도에 대한 의무이행 여부 보고서를 종전과 같이 제출해야 합니다. 실제로 보고서 제출의무가 없어지는 것은 2028년 4월부터입니다.
왜 이렇게 되는지 이번 개정내용과 부칙을 중심으로 살펴보겠습니다.
1. 종전의 공익법인 의무이행 여부 보고제도
종전 「법인세법 시행령」에서는 일정한 한국학교와 공익법인등에 대하여 지정요건 및 의무의 이행 여부를 보고하도록 규정하고 있었습니다.
공익법인의 경우 국세청에 의무이행 여부를 보고해야 했으며, 그 기한은 사업연도 종료일부터 4개월 이내였습니다. 따라서 사업연도가 1월 1일부터 12월 31일까지인 공익법인이라면 다음 연도 4월 말까지 보고하는 구조였습니다.
이 보고는 공익법인이 법인세법상 요구되는 지정요건과 각종 의무를 이행하고 있는지를 확인하여 국세청에 보고하는 절차였습니다. 따라서 12월 말 결산 공익법인의 경우 매년 4월의 여러 신고·공시업무와 함께 의무이행 여부 보고서의 제출대상인지 여부도 확인할 필요가 있었습니다.
2. 2026년 법인세법 시행령 개정으로 보고의무가 폐지되었습니다
2026년 2월 27일 「법인세법 시행령」이 대통령령 제36130호로 개정되면서 법인세법상 공익법인등(구. 지정기부금단체등)이 매년 제출하던 의무이행 여부 보고서의 제출의무가 폐지되었습니다.
다만 이번 개정으로 없어진 것은 공익법인이 의무이행 여부를 직접 보고하는 절차입니다. 공익법인이 준수해야 하는 지정요건과 각종 의무가 폐지된 것은 아니며, 과세관청이 그 이행 여부를 점검하는 제도 역시 유지됩니다.
따라서 이번 개정은 공익법인의 의무 자체를 없앤 것이 아니라, 매년 의무이행 여부를 별도의 보고서로 제출하던 절차를 폐지한 것으로 이해하는 것이 정확합니다.
3. 가장 중요한 것은 시행일보다 ‘적용례’입니다
법령이 개정되면 일반적으로 언제부터 시행되는지를 먼저 확인하게 됩니다. 이번 「법인세법 시행령」의 시행일은 2026년 2월 27일입니다. 하지만 의무이행 여부 보고제도의 적용시점을 판단할 때에는 시행일만 확인해서는 안 됩니다.
이번 시행령 부칙에서는 관련 개정규정을 “이 영 시행 이후 개시하는 사업연도부터 적용”하도록 적용시점을 별도로 정하고 있습니다.
이 문구가 이번 개정의 실제 적용시점을 결정합니다.
즉, 2026년 2월 27일 이후에 끝나는 사업연도가 기준이 아니라 2026년 2월 27일 이후에 개시하는 사업연도가 기준입니다.
이 차이는 특히 12월 말 결산 공익법인에게 중요합니다.
4. 12월 말 결산 공익법인은 2027년 4월에도 제출해야 합니다
사업연도가 매년 1월 1일부터 12월 31일까지인 공익법인을 예로 들어보겠습니다.
2026사업연도는 2026년 1월 1일에 시작되었습니다. 이번 시행령의 시행일인 2026년 2월 27일보다 먼저 사업연도가 개시되었습니다.
따라서 2026사업연도에는 이번 개정규정이 적용되지 않고 종전 규정이 적용됩니다.
2026사업연도가 종료되는 날은 2026년 12월 31일이고, 종전 규정에 따른 의무이행 여부 보고기한은 사업연도 종료일부터 4개월 이내입니다. 결국 2027년 4월 말까지 2026사업연도에 대한 의무이행 여부 보고서를 제출해야 합니다.
반면 2027사업연도는 2027년 1월 1일에 시작합니다. 시행령 시행일인 2026년 2월 27일 이후 개시하는 사업연도이므로 개정규정이 적용됩니다.
| 구분 | 2026사업연도 | 2027사업연도 |
|---|---|---|
| 사업연도 | 2026.1.1.~2026.12.31. | 2027.1.1.~2027.12.31. |
| 2026.2.27. 이후 개시 여부 | 해당하지 않음 | 해당 |
| 의무이행 여부 보고의무 | 종전 규정 적용 | 폐지 |
| 종전 기준 보고시기 | 2027년 4월 | 2028년 4월 |
| 실제 제출 여부 | 제출해야 함 | 제출하지 않음 |
따라서 12월 말 결산 공익법인을 기준으로 보면 2027년 4월이 마지막 의무이행 여부 보고시기가 됩니다.
‘2026년에 의무이행 여부 보고서가 폐지됐다’는 설명만 보고 2027년 4월의 보고를 생략해서는 안 됩니다. 12월 말 결산 공익법인은 2026사업연도분까지 종전 규정에 따라 보고해야 합니다.
다만 12월 말 결산법인이 아닌 경우에는 해당 공익법인의 사업연도 개시일을 기준으로 개정규정의 적용 여부를 별도로 판단해야 합니다.
5. 보고의무가 없어져도 공익법인의 의무관리는 계속 필요합니다
2027사업연도부터 보고서를 제출하지 않게 되더라도 공익법인이 준수해야 하는 지정요건과 각종 의무는 계속 적용됩니다.
종전에는 매년 의무이행 여부 보고서를 작성하는 과정에서 해당 요건과 의무를 함께 확인할 수 있었습니다. 앞으로 보고서 제출절차가 없어지면 이러한 정기적인 확인 과정이 약해질 가능성이 있으므로, 보고의무 폐지 이후에도 해당 공익법인에 적용되는 요건과 의무를 자체적으로 확인하고 관리할 필요가 있습니다.
없어지는 것은 ‘보고서 제출절차’이지 공익법인에게 적용되는 지정요건과 각종 의무 자체가 아닙니다.
6. ‘주식보유 관련 의무이행 신고’는 폐지되지 않았습니다
이번 개정과 관련하여 특히 혼동하기 쉬운 제도가 하나 있습니다.
「상속세 및 증여세법」에 따른 공익법인등의 주식보유 관련 의무이행 신고입니다.
명칭만 보면 이번에 폐지된 ‘의무이행 여부 보고’와 상당히 비슷합니다. 하지만 두 제도는 법적 근거와 신고대상, 신고내용이 서로 다른 별개의 제도입니다.
현재 동일 내국법인의 발행주식총수의 5%를 초과하여 주식을 출연받거나 취득한 공익법인등과 특수관계 있는 내국법인의 주식을 총재산가액의 30%(일정한 경우 50%)를 초과하여 보유하는 공익법인등은 의무이행 여부를 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 신고해야 합니다.
| 구분 | 법인세법상 의무이행 여부 보고 | 상증세법상 주식보유 관련 의무이행 신고 |
|---|---|---|
| 근거 법령 | 법인세법 및 시행령 | 상속세 및 증여세법 및 시행령 |
| 성격 | 지정요건 및 의무 이행 여부 보고 | 일정한 주식보유 공익법인의 의무이행 신고 |
| 대상 | 법인세법상 해당 공익법인등 | 일정한 주식보유 요건에 해당하는 공익법인등 |
| 기한 | 사업연도 종료일부터 4개월 이내 | 사업연도 종료일부터 4개월 이내 |
| 2026년 개정 | 보고의무 폐지 | 계속 존속 |
특히 두 제도 모두 사업연도 종료일부터 4개월 이내라는 동일한 시기에 업무가 이루어져 명칭뿐 아니라 신고시기까지 비슷하기 때문에 혼동하지 않도록 주의할 필요가 있습니다.
따라서 법인세법상 ‘의무이행 여부 보고서’ 제출의무가 폐지되었다고 해서 상속세 및 증여세법상 ‘주식보유 관련 의무이행 신고’까지 폐지된 것으로 이해해서는 안 됩니다.
주식보유 관련 의무이행 신고대상인 공익법인은 앞으로도 해당 신고의무를 별도로 확인해야 합니다.
7. 다른 4월 신고·공시의무도 그대로 확인해야 합니다
의무이행 여부 보고서 제출의무가 폐지되었다고 해서 공익법인의 4월 신고·공시업무 전체가 달라지는 것은 아닙니다.
공익법인에게는 해당 요건에 따라 출연재산 등에 대한 보고서 제출, 결산서류 등의 공시, 외부전문가 세무확인서 제출, 외부회계 감사보고서 제출, 주식보유 관련 의무이행 신고 등 각각 별도의 법적 근거에 따른 신고·공시의무가 존재합니다.
따라서 이번 개정은 4월에 이루어지는 여러 공익법인 세무업무 가운데 법인세법상 의무이행 여부 보고서 제출이라는 하나의 절차가 없어지는 것으로 이해하는 것이 정확합니다.
특히 여러 신고의 명칭과 기한이 비슷하기 때문에 2028년 이후 4월 업무를 준비할 때에도 해당 공익법인에 어떤 신고·공시의무가 적용되는지를 각각 확인할 필요가 있습니다.
8. 2027년 4월 업무를 준비할 때는 어떻게 해야 할까?
12월 말 결산 공익법인이라면 이번 제도 변경을 다음과 같이 기억하는 것이 가장 간단합니다.
2026년 2월 27일 시행령 개정 → 2026사업연도에는 종전 규정 적용 → 2027년 4월 의무이행 여부 보고 → 2027사업연도부터 보고의무 폐지 → 2028년 4월부터 해당 보고서 제출 없음
결국 법령상 보고의무는 이미 폐지되었지만, 부칙의 적용례 때문에 실제 실무에서 보고서가 사라지는 시점과는 시간차가 발생합니다.
따라서 2027년 4월 공익법인 결산·세무업무를 준비할 때에는 2026사업연도에 대한 의무이행 여부 보고서를 종전과 같이 준비해야 합니다. 그리고 2028년 4월부터는 법인세법상 의무이행 여부 보고서를 제출하지 않되, 다른 신고·공시의무와 주식보유 관련 의무이행 신고 대상 여부는 별도로 확인해야 합니다.
12월 말 결산 공익법인을 기준으로 이번 개정은 ‘2027년 4월까지는 보고, 2028년 4월부터 보고서 제출의무 폐지’로 이해하면 됩니다.
참고사항
이 글은 2026년 9월 현재 「법인세법 시행령」 및 관련 부칙, 「상속세 및 증여세법」과 같은 법 시행령, 국세청의 공익법인 관련 공식자료를 기준으로 작성하였습니다. 향후 관련 법령이나 신고제도가 변경될 수 있으므로 실제 적용 시에는 해당 공익법인의 사업연도와 적용 법령을 확인할 필요가 있습니다.
이번 의무이행 여부 보고서 제출의무 폐지의 근거가 되는 「법인세법 시행령」은 2026년 2월 27일 대통령령 제36130호로 개정되었으며, 관련 개정규정은 시행일 이후 개시하는 사업연도부터 적용됩니다.
참고자료: 국세청 「최근 주요 개정세법」, 국가법령정보센터 「법인세법 시행령」 및 부칙